污染水体的生物种类很多，主要有病毒、细菌、寄生虫等。病毒主要包括有脊髓灰质炎病毒、柯萨基病毒和肝炎病毒等。这些病毒一般存在于病人肠道，通过粪便污染水体，然后再危害人体。细菌是污染水体的主要污染物，它包括肠道细菌（大肠菌群、结核杆菌等）和病原菌（沙门氏菌、霍乱孤菌、结核菌等），这些细菌可导致人体患各种急性传染病，如伤寒、霍乱等疾病以及肠道疾病。寄生虫主要包括溶组织阿米巴、麦地那线虫、兰伯氏贾弟虫、血吸虫以及肠道的钩虫、蛔虫、鞭虫、姜片虫、蛲虫、猪条绦虫、牛肉缘虫、矩膜壳绦虫、细粒棘状线虫等，它们通过动物、病人或病人的粪便污染水体，再通过污染水体、土壤等途径传播至人体。
人类食用被污染的水中生物引起疾病的事例已经多次发生。1988年上海市因人们食用污染水域中生长的毛蚶，甲肝流行，使数以十万计的人因染疾而停工停产。因此，人们不能食用被污染水域中的水生动植物，这些生物内含有有毒物质，人食后在体内积储起来，达到一定的程度就引起疾病。在食用前，如果弄不清是否被污染，可以嗅一下是否有异味，看一下这些生物体表是否光滑，有无异物生长，发现有问题就不要吃了。有时煮熟后，吃时发现有“油漆”味，应停止食用。
